Старшая дочь Жозефа Бонапарта и Жюли Клари. У Зенаиды была сестра Шарлотта.В 1822 году Зенаида вышла замуж за своего кузена Шарля Люсьена Бонапарта (1803—1857), сына Люсьена Бонапарта. Ее отец выбрал в мужья своим дочерям сыновей двух его братьев на случай возвращения Бонапартов к власти . Муж Зенаиды был известным орнитологом и назвал именем своей жены род голубиных горлицы-зенайды.
У супругов было двенадцать детей :