Джон Кук родился в долине Шенандоа, в городе Винчестер. Он был одним из 13-ти детей Джона Роджерса Кука и Марии Пендлетон Кук. Он родился на фамильной плантации «Эмберс-Хилл». В 1838 году сгорело их поместье «Гленгери». Семья переехала в Чарльзтаун, а в 1840 году - в Ричмонд.
Согласно воле отца Джон начал изучать право, но финансовые трудности в 1849 году не позволили ему поступить в Вирджинский Университет. Он начал заниматься публицистикой и между 1848 и 1853 годами опубликовал несколько произведений. В 1854 году он начал писать и публиковать книги. В 1858 году умер его отец и Джон окончательно забросил юриспруденцию. Вскоре он стал известным новелистом и в итоге написал 31 внигу и около 200 статей и поэм. В своих новеллах Кук изображал историю и современность штата Вирджиния - в частности, в произведении «Вирджинские комедианты» (1854) и позже в произведении о гражданской войне «Люди в сером» (The Wearing of the Gray).