Эмиль родился 4 апреля 1882-го года в городе Хропине, Моравия (Chropyně, Moravia), на тот момент еще не входившем в Чехию (Czech Republic). Детство он провел в Брно (Brno, Czech Republic), где ходил в школу и работал секретарем в одном из почтовых отделений. Именно в Брно и раскрылся его художественный талант, который родители Эмиля всячески поощряли.
В 1903-м году, уже имея небольшой опыт в живописи, Филла поступил в Академию изобразительных искусств в Праге (Academy of Fine Arts, Prague), однако спустя три года отчислился, несмотря на то, что являлся одним из самых способных студентов Академии. Вместе с группой других молодых художников, которые, так же как и сам Эмиль, не признавали старые методы преподавания живописи, он начал собственные эксперименты. В то время Филла был крайне поражен работами норвежского живописца Эдварда Мунка (Edvard Munch), который как раз посетил Прагу со своей выставкой.
Постоянные искания и разочарования, маленькие победы и непостоянство собственного стиля – все это было свойственно ранним работам Эмиля. Впрочем, замеченный чешской Ассоциацией художников, он уже в 1909-м году стал ее членом и оставался членом Ассоциации до самой смерти.
В 1910-м году Филла начал первые эксперименты с кубизмом и экспрессионизмом: его первые работы во многом обязаны темами и стилем написания величайшему художнику барокко Эль Греко (El Greco). Однако постепенно у Эмиля проснулся интерес к современным художникам, и он все дальше начал раздвигать неизученные рамки кубизма, поднимая его на совершенно новый уровень развития. В русле кубизма из-под кисти Филла появилось несколько натюрмортов, а в некоторых работах Эмиль использовал коллаж, тем самым дав развитие жанру художественной инсталляции.
В 1911-м году Эмиль редактировал несколько номеров популярного художественного журнала 'Volné směry', в которых довольно громко высказался о гениальности работ Пабло Пикассо (Pablo Picasso), однако, к его собственному удивлению, коллеги по цеху негативно восприняли этот ход, и он был вынужден на некоторое время прервать контакты с Ассоциацией художников и основать свою ассоциацию художников-кубистов 'Skupina výtvarných umělců'.
Незадолго до начала Первой мировой войны художник переехал в Париж (Paris), однако с началом войны переехал в довольно либеральные к иммигрантам Нидерланды (Netherlands). В это же время он вместе с художником и скульптором Ото Гутфрёйндом (Otto Gutfreund) создал первую в историю скульптуру в стиле кубизма.
По возвращении в Прагу после окончания войны он восстановил отношения с Ассоциацией художников и продолжил свою художественную деятельность. Наряду с картинами, он создавал скульптуры и инсталляции. Так, Филла стал автором рисунков на стекле для Чешского павильона на Международной выставке декоративного искусства и художественной промышленности (International Exposition of Modern Industrial and Decorative Arts) в 1925-м году в Париже. Большинство его работ того периода были выполнены в стиле синтетического кубизма, еще более примитивном для восприятия варианте кубизма.
В первый же день Второй мировой во йны Эмиль Филла был арестован вместе с знаменитым чешским писателем и хорошим другом Йозефом Чапеком (Josef Čapek), который приходится братом Карелу Чапеку, самому известному чешскому писателю 20-го века. Все годы войны Эмиль провел в концлагере, но выжил.
После освобождения он начал преподавать живопись в Академии искусств, архитектуры и дизайна в Праге (Academy of Arts, Architecture and Design in Prague), он был одним из первых художников, который начал проводить художественные выставки в пост-военной Чехии. Всю жизнь Эмиль не переставал работать: его художественное наследие как художника и теоретика необозримо и образует фундамент современного искусства.
Эмиль Филла умер 7 октября 1953-го года знаменитым на весь мир художником, благодаря стараниям которого мир узнал о многих работах Пикассо и множестве других художников. В 1998-м году он был посмертно награжден Орденом Т.Г. Масарика (T. G. Masaryka) 3 степени.