Хуанито начал свою футбольную карьеру в клубе из своего родного Кадиса. В конце 1990-х он находился в составе резервной команды клуба «Реал Бетис», выступавшей в четвёртом испанском дивизионе, но в число игроков главной команды ему пробиться не удалось. В сезоне 2000/01 он играл в клубе второго дивизиона «Рекреативо» из Уэльвы, где стал основным защитником. В следующем сезоне он вернулся в «Бетис» и на этот раз смог пробиться в основу команды и стал регулярно выходить на поле в матчах Примеры, а также в играх Кубка УЕФА и, в сезоне 2005/06, — в матчах Лиги чемпионов. Высшим достижением клуба в этот период стали победа в Королевском кубке и занятое 4-е место в чемпионате Испании в сезоне 2005.
Карьера в сборной