В 1667 году новым Патриархом был избран архимандрит Троице-Сергиевой Лавры Иоасаф.
Еще в период войны с Польшей в сентябре 1661 года царь Алексей Михайлович просил архимандрита Троице-Сергиевой Лавры Иоасафа и иноков его славной обители "с великим молением сотворити пост три дни". Когда московская рать одержала победу, царь в особом послании писал архимандриту Иоасафу, что победа русским была дарована от Бога "вашего ради святого и целомудренного поста... предстательством великого и славного, предивного и скорого помощника Сергия Чудотворца, на самый праздник его святой".
10 февраля 1667 года Патриарх Александрийский Паисий и Патриарх Антиохийский Макарий возвели его в патриарший сан. Будучи уже в преклонных летах, Иоасаф явил себя деятельным Первоиерархом.
Патриаршество Иоасафа II, продолжавшееся 5 лет, было ознаменовано крупными событиями в жизни Русской Церкви и важными церковными реформами. В мае 1667 года проходил Большой Московский Собор, на котором, кроме Патриарха Московского Иоасафа II, присутствовали Патриархи Александрийский и Антиохийский, 24 архиерея и 54 духовных лица.
В своей деятельности Патриарх Иоасаф II стремился реализовать постановления Собора 1667 года, утвердившие церковные реформы Патриарха Никона. Он вел довольно энергичную борьбу с последователями старого обряда, с инерцией устоявшихся привычек, "дондеже уразумятся и возвратятся в правду с покаянием". Кроме того, Собор утвердил к печатанию книгу Симеона Полоцкого "Жезл правления", направленную против упорствующих раскольников.
Патриарх Иоасаф II продолжил начатое Патриархом Никоном исправление и печатание богослужебных книг. Он же разослал по всем епархиям наставление об иконном изображении, в результате чего приостановилось вторжение в русскую иконопись западной манеры письма и был узаконен древнерусский стиль иконописи, по старинным подлинникам.
Патриарх Иоасаф II способствовал развитию миссионерской деятельности Русской Церкви. При нем трудами русских подвижников-миссионеров были просвещены многие народности на северо-восточных окраинах России. Особую заботу Патриарх Иоасаф II проявлял о распространении христианства в Сибири.
Скончался Патриарх Иоасаф II 17 февраля 1672 года и был погребен в Успенском соборе, у западной стены, возле раки святителя Ермогена.