Марен Хаммершмидт начала заниматься биатлоном вместе со своей сестрой-близнецом Янин. Её первым международным соревнованием стал Европейский молодежный олимпийский фестиваль 2007 года, который проходил в испанском городе Хака. Там юная биатлонистка получила бронзовую медаль в гонке преследования.
В 2008 году Марен Хаммершмидт успешно выступила на Чемпионате мира среди юниоров в Рупольдинге, где стала двукратной чемпионкой мира: в спринте и эстафете. А в 2010 году на аналогичном соревновании в Торсби в старшей категории спортсменка вновь выиграла золотую медаль в спринте, а в составе немецкого трио завоевала бронзовую медаль.