После войны 1809 года Наполеон, разведясь с Жозефиной Богарне, выбрал Марию-Луизу в супруги, и 1 апреля 1810 года они были обвенчаны кардиналом Фошем в Париже. Празднества, сопровождавшие бракосочетание, закончились ужасным пожаром на балу у австрийского посланника Шварценберга.
В 1811 году у Марии-Луизы родился сын Наполеон, которому император дал титул римского короля.