Наиболее успешно для Фабиана сложились 2010 и 2011 годы. Марко стал одним из лидеров команды в розыгрыше Кубка Либертадорес 2010, в котором «Гвадалахара» впервые в своей истории (и во второй раз в истории участия мексиканских команд) сумела дойти до финала, где уступила бразильскому «Интернасьоналу». При этом мексиканцы дважды открывали счёт в финальных играх, но оба раза бразильский клуб переламывал ход встречи. На стадионе «Бейра-Рио» в ответной игре именно Фабиан забил первый гол на 42-й минуте, несмотря на преимущество «Интера» по ходу всего тайма. Во втором тайме бразильцы забили три гола, а мяч Омара Браво, посланный в сетку ворот на 90-й минуте, уже не смог помочь «Гвадалахаре».
В Апертуре 2010 Фабиан в 17 матчах забил 6 голов — при этом во всех предыдущих чемпионатах Мексики он отмечался максимум одним голом, либо не забивал голов вовсе. В Клаусуре 2011 в 16 играх Марко отметился 9-ю забитыми голами, а в Апертуре 2011 вновь забил 6 голов в 13 матчах.
12 июня 2011 года Марко Фабиан дебютировал за сборную Мексики в товарищеской игре в Лас-Вегасе против Венесуэлы (южноамериканцы, которые вскоре дошли до полуфинала Кубка Америки, обыграли Мексику со счётом 3:0). 25 июня Фабиан отметился забитым голом в ворота сборной Эквадора.
После скандала, связанного с обнаружением допинга у пятерых футболистов сборной, принимавшей участие в Золотом Кубке КОНКАКАФ, Фабиан был вызван на замену отчисленным игрокам, однако участие в турнире для него было формальным. После окончания Золотого Кубка Фабиан должен был поехать в составе сборной на Кубок Америки, однако из-за «неподобающего поведения» был отчислен из команды вместе с ещё 7-ю игроками.
26 января 2012 года Фабиан вернулся в сборную Мексики, отыграв весь товарищеский матч против Венесуэлы. В финале футбольного турнира на Олимпийских играх-2012 в Лондоне Марко отдал голевую передачу, с которой Перальта забил золотой гол.
Гол Фабиана в полуфинальном матче против Германии на Кубке Конфедераций - 2017 был признан лучшим голом турнира.
Достижения
Финалист Кубка Либертадорес (1): 2010
Олимпийский чемпион (1): 2012
Финалист Кубка Германии (1): 2016/17