Ондржей Немец начал свою профессиональную карьеру в 1998 году в своём родном городе Тршебиче, выступая за юниорскую команду «Славии Тршебич». В 2001 году Ондржей дебютировал в Экстралиге в составе «Всетина». В следующем году на драфте НХЛ Немец был задрафтован клубом «Питтсбург Пингвинз» во 2 раунде под общим 35 номером. Сезон 2003/04 Ондржей провёл в АХЛ, выступая за клуб «Уилкс-Барре/Скрэнтон Пингвинз», однако уже через год вернулся на родину, где и выступал до 2010 года, став чемпионом и серебряным призёром Экстралиги в составе «Энергии». 23 мая 2010 года Немец подписал контракт с череповецкой «Северсталью». В своём первом сезоне в КХЛ Ондржей стал основным защитником череповецкого клуба, набрав 19 (12+7) очков в 58 проведённых матчах. 16 мая 2012 года подписал контракт с ХК «Лев» из Праги.
Международная