При Фёдоре Боярская Дума обрела больший вес в принятии государственных решений, число её членов возросло с 66 до 99. Тем не менее, царь и сам принимал обширное участие в управлении страной.
Фёдор был просвещенным и мудрым правителем, несмотря на свою молодость. Под его руководством была проведена перепись населения и отменен указ о невыдаче беглых крестьян, записавшихся в армию.
Царь попытался проводить в стране реформы, преобразовывавшие Россию по западному образцу. Были смягчены уголовные наказания, введено воеводское и местное приказное управление. Была проведена попытка введения в России чинов, что будет позже осуществлено Петром I. Посредством табели о рангах было отменено наследование чина.
Фёдор был противником вмешательства церкви в управление государством. Он отстранил патриарха Иоакима от участия в светских делах и увеличил налоги на церковные имения.
Осознавая важность образования, Федор приглашал в Россию зарубежных специалистов для преподавания. Был инициатором организации славяно-греко-римской академии, хотя и не дожил до её открытия.
Наследника царь после себя не оставил. Его первая жена, Агафья Грушецкая, умерла при родах, а вскоре погиб и младенец. Второй брак с Марфой Апраксиной продлился всего два месяца. В возрасте двадцати лет скончался сам царь.