Марат Измайлов начал играть в футбол в дубле московского Торпедо, а в 2000 году перешёл в Локомотив. Проведя первый сезон в дубле, в 2001 году Измайлов проводит уже 29 игр в чемпионате России. Блистатательно проведя первую половину сезона 2002, Измайлов дебютирует в сборной страны, участвует на чемпионате мира 2002 года. После не самого удачного мирового турнира, Измайлов получает травму и долго лечится. В последующие сезоны Измайлов чередовал отличную игру и тяжелые травмы. Всего за Локомотив провёл в различных турнирах 167 матчей, забил 26 голов.
В итоге к сезону 2007 года один из перспективнейших игроков страны прочно осел на скамейке и вскоре был отдан в аренду в лиссабонский Спортинг. В Португалии дела у него довольно неожиданно пошли намного лучше, в итоге по окончании сезона португальский клуб выкупил его трансфер.
9 августа 2010 года португальское издание A Bola сообщило, что Марат намеревается покинуть «Спортинг», так как психологически больше не в состоянии выступать за команду, где провёл три сезона и стал одним из её ведущих и самых популярных среди болельщиков игроков. Кроме того, A Bola указало, что Марат при поддержке португальского профсоюза профессиональных футболистов намеревается подать судебный иск на решение «Спортинга» оштрафовать футболиста на две трети месячной зарплаты за отказ принять участие в матче прошлого розыгрыша Лиги Европы против мадридского «Атлетико». Информация была продублирована российской газетой «Спорт-Экспресс». 10 августа в том же A Bola появилась новость, что полузащитником интересуется казанский «Рубин», но в тот же день Марат заявил, что не ведёт переговоров о переходе из «Спортинга» ни с «Рубином», ни с каким-либо другим российским клубом, а «Спортинг», в свою очередь, выступил с заявлением, из которого следовало, что в клуб не поступало никаких предложений относительно россиянина и что лиссабонцы рассчитывают на полузащитника, с которым у них действует контракт до 2013 года. Марат отметил, что находится в «очень хороших» отношениях с тренерами «Спортинга» и партнёрами по команде и что, «в принципе, его всё устраивает».
Достижения
Командные
Победитель Чемпионата России: 2002, 2004
Серебряный призёр Чемпионата России: 2001
Бронзовый призёр Чемпионата России: 2005, 2006
Обладатель Суперкубка России: 2003, 2005
Обладатель Кубка Чемпионов Содружества: 2005
Обладатель Кубка Португалии: 2007—2008
Обладатель Суперкубка Португалии: 2007, 2008
Серебряный призёр чемпионата Португалии: 2007-08, 2008-09
Персональные
Лучший молодой игрок по версии газеты «Спорт-Экспресс» 2001 года.