С 1819 года жил и работал в Загребе, где первоначально оказался как секретарь и личный музыкант графа Эрдёди. Затем руководил хором Загребского кафедрального собора, был одним из основателей (1827) Загребского музыкального общества, руководил его хором и музыкальной школой. Среди учеников Виснера-Моргенштерна был, в частности, Ватрослав Лисинский, автор первой хорватской оперы «Любовь и злодейство» (1846), оркестровка которой была завершена Виснером-Моргенштерном. У Моргенштерна учились также Фортунат Пинтарич (хорв.)русск., Иван Падовец и другие. Собирал хорватский музыкальный фольклор.
Виснеру-Моргенштерну принадлежит Реквием (1823, памяти папы Пия VII), опера «Алексис» (1826, по драме Йозефа фон Ауффенберга «Виола», утрачена), различные камерные и церковные сочинения. Камерная музыка Моргенштерна была записана Загребским квартетом.